形成研究問題

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研究問題通常從研究的優先次序（見：重新思考研究優先次序與結果）以及構築該研究的概念和理論而來（見：重新思考概念與理論）。研究優先次序——以及概念和理論——會直接影響研究設計。它們的功能為： 

1. 界定詢問的問題——以及透過暗示界定未詢問的問題 (例見案例研究：生理性別決定的遺傳學)。
2. 構築研究設計與研究方法的選擇。

如同研發過程的其他階段，研究問題的選擇通常依——不論含蓄或明顯——與生理性別和社會性別相關的假設而定（見方法：分析社會性別）。正如研究與研發過程的其他階段，新創的發展潛力奠基於嚴格審視潛藏於既有做法中，與生理性別和社會性別相關的證據（Bührer et al., 2006; Schraudner et al., 2006; Schiebinger, 2008; Wylie, et al., Klinge, 2010; IOM, 2010; Wajcman, 2010）。

分析生理性別和社會性別對研究問題生成的影響之關鍵問題：

1. 在特定研發領域中，目前有關生理性別和社會性別（常模、認同或關係）之既有知識為何？

2. 如果不分析生理性別和社會性別，我們將無法知道哪些事？

3. 生理性別和社會性別如何影響並限制該領域的研究問題？舉例來說，冠狀動脈血管造影術是評估冠狀動脈疾病的一項有效診斷工具，但是，此技術有出血的風險，且特別容易發生於女性患者。研究人員為了提昇血管造影術的安全，設計了新導管並取得專利，也改良了施行步驟，改由以橈動脈進行血管造影術而非股動脈。這項改變降低了所有人的術後出血情況 (見案例研究：不同群體的心臟病）。

4. 有任何假設是根據生理性別和社會性別而形成的嗎？這些假設能用可取得的證據解釋嗎？這些支持研究問題的假設能否禁得起嚴格驗證？舉例來說，對社會性別差異的文化預設可能引導企業行銷投向「特定性別」的產品——其中一例為特定性別的膝關節義肢——這未必是消費者的最佳選擇（見案例研究：膝蓋問題的去性別化）。研究人員已有生理性別或社會性別為二元之預設？舉例而言，最近的研究指出，一些跨性別者可能有較高風險罹患心臟病，但是心臟疾病研究通常不會著重在跨性別病患身上（見案例研究：不同群體的心臟病）。

5. 研究受試者中是否遺漏任何潛在相關的族群（例如：藥品研究中的雌性動物、系統生物學中的婦女與多元性別群體、汽車工程工業中的懷孕婦女與體型較大群體）？（見案例研究：處方藥品、系統生物學與具包容性的碰撞實驗假人）。

6. 什麼樣的研究問題能導向更堅實的研究設計和方法？舉例來說，在生理性別差異的研究中，遺傳學家已揭露了將雌性發育途徑描繪為「被動」的科學模型之缺點。藉由挑戰此被動性假設，研究人員對卵巢發育途徑提出了新的問題。新的研究發現顯示雌性與雄性發育皆為主動的基因傳導過程 （見案例研究：生理性別決定的遺傳學）。