生理性別和社會性別可以影響整個研究步驟或發展的過程，從一開始的策略考量確定優先次序和建立理論，到研究開始後更多的例行程序如：研究問題的構成、設計研究方法和解釋研究數據資料等各個階段。在研究一開始將生理和社會性別分析設計納入研究中，可以避免很多陷阱及易犯的錯誤，同時也能發現許多新的想法或機會。生理性別和社會性別分析在同一研究領域中與其它方法交互合作，提供一個更深層的「控制器」(或過濾器來摒除偏見)，以便更嚴謹地把關科學、醫學和工程研究、公共政策和實踐。
本節介紹最先進的生理性別和社會性別分析方法。如同其它任何方法，都逃不過喜新厭舊的法則，依情勢的改變，當新方法成為一種潮流，舊方法便跟著逐漸消失。它們實施的價值取決於研究團隊的創造力。在研究或發展的過程中，沒有什麼輕易的訣竅。研究者也要周詳考慮所有的方法，發揮創造力來運用這些方法提升自己的研究。這些方法運用於案例研究中。
這些方法的動態呈現可見愛思唯爾研究者學院（Elsevier Researcher Academy）的性別化分析網路論壇，由Londa Schiebinger與Cara Tannenbaum報告的：如何將生理性別、社會性別及交織分析融入研究當中。同場與談人有愛思唯爾國際策略網絡研究智慧副理Holly J. Falk-Krzesinski以及愛思唯爾細胞出版社的Jessica Mills。
在研究過程中的每一環節，進行生理性別和社會性別分析：
基礎方法
- 重新思考研究優先次序與結果
- 重新思考概念與理論
- 形成研究問題
- 分析生理性別
- 分析社會性別
- 分析生理/社會性別如何交互作用
- 交織性研究方法
- 工程創新程序
- 參與式研究和設計
- 重新思考標準和參考模型
- 重新思考語言和視覺表徵